സിസ്റ്റര് അഭയയെ കൊലപ്പെടുത്തിയ കേസില് രണ്ടാം പ്രതിയായ ഫാദര് ജോസ് പുതൃക്കയിലിനെ തിരുവനന്തപുരം സിബിഐ കോടതി വെറുതെ വിട്ടു. അതേസമയം ഒന്നാം പ്രതിയായ ഫാദര് തോമസ് കോട്ടൂരും മൂന്നാം പ്രതിയായ സിസ്റ്റര് സെഫിയും വിചാരണ നേരിടണമെന്നും കോടതി വ്യക്തമാക്കി. പ്രതികള് നല്കിയ വിടുതല് ഹര്ജിയിലാണ് കോടതി ഉത്തരവ്. അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ട ദിവസം രാത്രി ഫാദര് ജോസ് പുതൃക്കയില് കോണ്വന്റില് വന്നതിന് തെളിവില്ലെന്ന വാദം അംഗീകരിച്ചാണ് സിബിഐ കോടതി പ്രതിയെ കുറ്റവിമുക്തനാക്കിയത്. തങ്ങളെ പ്രതിപട്ടികയില് നിന്നൊഴിവാക്കണമെന്ന് കാണിച്ച് പ്രതികളായ വൈദികരും കന്യാസ്ത്രീയും ഏഴ് വര്ഷം മുന്പാണ് കോടതിയില് ഹര്ജി നല്കിയത്. അതേസമയം കേസിലെ മറ്റൊരു കക്ഷിയായ പൊതുപ്രവര്ത്തകന് ജോമോന് പുത്തന്പുരയ്ക്കല്ലിന് വിധിക്കെതിരെ ഹൈക്കോടതിയെ സമീപിക്കാമെന്ന് പുതൃക്കയിലിനെ വെറുതെ വിട്ട ഉത്തരവില് ഹൈക്കോടതി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്. 1992 മാര്ച്ച് 27നാണ് കോട്ടയത്തെ സെന്റ് പയസ് കോണ്വെന്റിലെ കിണറില് അഭയയുടെ മൃതദേഹം കണ്ടെത്തിയത്. അഭയയെ കൊന്നത് തോമസ് കോട്ടൂരാണെന്നും മറ്റു രണ്ടു പ്രതികള് ഇദ്ദേഹത്തെ സഹായിക്കുകയായിരുന്നുവെന്നുമാണ് സിബിഐയുടെ കണ്ടെത്തല്. എന്നാല് ഇതു തെളിയിക്കാനാവശ്യമായ ശക്തമായ തെളിവുകള് സിബിഐയുടെ പക്കല് ഇല്ലെന്നാണ് രണ്ടാം പ്രതിയെ വെറുതെ വിട്ടതിലൂടെ വെളിപ്പെടുത്തുന്നത്. കേസ് അന്വേഷിച്ച സിബിഐയുടെ ആദ്യസംഘം അഭയയുടേത് ആത്മഹത്യയാണെന്ന നിഗമനത്തിലാണ് എത്തിയത്. പിന്നീടാണ് ആത്മഹത്യയല്ല കൊലപാതകമാണെന്ന് കണ്ടെത്തുന്നത്.